Salome-Mecaで100万要素問題(テトラ二次要素)

いきさつ

  • Salome-Meca VS Adventureの記事にて、およそ100万要素の構造解析問題にて、テトラ一次要素での計算は出来たものの、二次要素の計算は仮想マシンのメモリー不足で計算不能であった。

  • 仮想マシンのメモリーを目一杯(約20GB程度まで)増やすとかやっても駄目。
  • 中間ファイルでかなり大きなファイルを作ることも判ったので、仮想マシンのファイルシステムサイズをかなり(200GB程度まで)増やした計算もやってみたが、駄目だった。
  • ならばと、仮想マシンでなく、
    • 供試マシン
      CPU:Core-i7 950
      Memory:24GB
      OS:Ubuntu-10.04

      本体にて計算もやってみたが、結局駄目であった。

  • どうも、メモリーや計算時間、ファイルサイズ以外にも制限値があるらしい。計算ログには、以下のようなメッセージが現れて、その直後の結果から、何やら怪しい出力になっている。
      !-------------------------------------------------------------------------------------------------!
      ! <exception> <jeveux_42>                                                                         !
      !                                                                                                 !
      ! Fichier saturé, le nombre maximum d'enregistrement 62914 de la base VOLATILE est atteint        !
      !      il faut relancer le calcul en passant une taille maximum de base sur la ligne de commande  !
      !      argument "-max_base" suivi de la valeur en Mo.                                             !
      !-------------------------------------------------------------------------------------------------!
  • つまり、-max_baseなる引数で、62914よりも大きい値を指定する必要がある・・・ということらしいんだが、commファイルやEficasで調べてもその種のパラメタらしきものが見当たらない。
  • 判らない時は掲示板で調べるしかないが、 “-max_base” でSearchしたら、あっさり見つかった。しかもSOLVED(解決問題)として⇒[SOLVED] Problem with max_base
  • 解決方法は、ASTKで、Argumentを記述できる欄があるので、そこで指定すれば良いとの事らしい。

ASTK起動

  • https://ocse2.com/wp-content/uploads/2012/04/01.png
し・しかし・・・
  • https://ocse2.com/wp-content/uploads/2012/04/02.png
  • たしかに、Argumentsを書けそうなテキストボックスがあるんだが、どうにもキーボードが云うことを聞いてくれない。カーソルは点滅するのだが、キー入力を一切受け付けない。
  • 右上の方に、メモリサイズやら計算時間指定の数字があり、これは前もって手修正してあった数字だが、これもこの画面で修正することが出来ない。
  • ASTKを起動した際に、なにやら確認画面(下図)が出ているが、これが問題なのか?と思ってみたりもしたが・・・
  • https://ocse2.com/wp-content/uploads/2012/04/03.png
  • ちなみにこのASTKは、供試マシン本体(ubuntu-10.04)にインストールしたSalome-Meca(2011.2)から起動したもの。
  • DEXCS-2011-SalomeMecaで作成した仮想マシンでも同じ症状であった。

今回、新たに構築したMint12ベースの仮想マシン

  • https://ocse2.com/wp-content/uploads/2012/04/04.png
  • こちらは、Salome-Meca(2012.1) on mint12(ubuntu 11.10 相当)
  • Salome-Mecaからastkの起動メニューはあるんだが、何故か何も云うことを聞いてくれなかった。
  • やむなくコマンドライン入力でastkを起動してみると・・・
    Checking... PYTHONPATH
    ./SALOME-MECA-2012.1-LGPL/aster/bin/astk: line 46: /usr/bin/wish8.4: No such file or directory

    ということで、wish8.4がないからということらしい。

  • ちなみにubuntu版には、確かにこれが入っていたが、このmint版には、wish8.5が入っていることが判ったので、窮余の一策にて、
    sudo ln -s /usr/bin/wish8.5 /usr/bin/wish8.4

    としてやったら、すんなり動いてくれるようになった。

  • 肝心のArgumentsにパラメタ()を記述することも出来た
  • https://ocse2.com/wp-content/uploads/2012/04/07.png

いよいよ計算実行

  • https://ocse2.com/wp-content/uploads/2012/04/05.png
  • メモリの施用量は目一杯!

計算結果の確認

  • https://ocse2.com/wp-content/uploads/2012/04/06.png
  • astkでの計算結果は、このままではPost-Proには渡らないようであったが、rmedファイルはちゃんと出来ていたので、paraview(ParaVis)にて可視化は出来た。

計算時間サマリー

 ********************************************************************************
 * COMMAND                  :       USER :     SYSTEM :   USER+SYS :    ELAPSED *
 ********************************************************************************
 * init (jdc)               :       0.78 :       0.98 :       1.76 :       1.98 *
 *  . compile               :       0.00 :       0.01 :       0.01 :       0.00 *
 *  . exec_compile          :       0.06 :       0.05 :       0.11 :       0.11 *
 *  . report                :       0.00 :       0.00 :       0.00 :       0.01 *
 *  . build                 :       0.00 :       0.00 :       0.00 :       0.00 *
 * DEBUT                    :       0.02 :       0.07 :       0.09 :       0.12 *
 * DEFI_MATERIAU            :       0.00 :       0.00 :       0.00 :       0.01 *
 * LIRE_MAILLAGE            :      20.62 :       1.70 :      22.32 :      22.60 *
 * MODI_MAILLAGE            :       2.94 :       0.05 :       2.99 :       3.05 *
 * AFFE_MODELE              :       4.21 :       0.25 :       4.46 :       4.85 *
 * AFFE_MATERIAU            :       0.01 :       0.00 :       0.01 :       0.00 *
 * AFFE_CHAR_MECA           :       4.31 :       0.72 :       5.03 :       5.44 *
 * MECA_STATIQUE            :    6399.53 :    2627.07 :    9026.60 :   15413.47 *
 * CALC_ELEM                :      13.49 :      25.49 :      38.98 :      41.17 *
 * CALC_NO                  :      26.03 :       2.33 :      28.36 :      28.46 *
 * IMPR_RESU                :       3.61 :       0.69 :       4.30 :       5.77 *
 * FIN                      :       0.58 :       2.71 :       3.29 :       5.21 *
 *  . part Superviseur      :       0.84 :       1.08 :       1.92 :       2.21 *
 *  . part Fortran          :    6475.32 :    2660.99 :    9136.31 :   15530.04 *
 ********************************************************************************
 * TOTAL_JOB                :    6476.16 :    2662.07 :    9138.23 :   15532.25 *
 ********************************************************************************
  • 計算時間そのものは2時間弱であったようだが、ELAPSED時間が5時間弱。これはメモリスワップを大量に使用したことが原因でしょう。
  • 何はともあれ、
    メモリさえ確保できれば、それなりの計算が出来る

    ということは実証できたようです。

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