snappyHexMesh に必要な、アスキー形式のstlファイルですが、blenderからエクスポートできるようにするスクリプトもアップされていました。
⇒ちゃんと動作しました。但し、
To use it, all you have to do is put each patch in a separately named object. Select all the patches you wish to export and then use the script.
とあったのですが、前段の put each patch in a separately named object（パッチ毎に名前を変更する？）あたりの方法がよくわかりません。